La Commission de la fonction publique du Canada est composée des cinq directions générales suivantes :
Cette direction générale appuie le mandat de la CFP, qui consiste à protéger de façon indépendante l'intégrité de la dotation et à favoriser l'impartialité politique de la fonction publique. Elle appuie également le positionnement stratégique de la CFP, à moyen et à long terme, en procédant à des analyses stratégiques et en coordonnant les activités avec les intervenants. Elle élabore des politiques pour orienter les administrateurs généraux et les gestionnaires dans l'exercice des pouvoirs qui leur sont délégués et elle surveille la manière dont ces pouvoirs sont utilisés. La Direction générale gère directement les activités non déléguées d'évaluation et de nomination des cadres de direction par la Commission. Elle gère aussi les activités relatives aux exemptions en matière de langues officielles, à l'administration des priorités, les autorisations à accorder aux fonctionnaires qui veulent se porter candidat ou candidate à une élection et les initiatives d'équité en matière d'emploi de la CFP.
Cette direction générale est chargée de concevoir et de mettre en oeuvre les systèmes de recrutement de la fonction publique fédérale en fournissant un guichet de service unique qui permet aux Canadiens et Canadiennes à la recherche d'un emploi à la fonction publique fédérale (incluant les étudiants et étudiantes) d'avoir directement accès aux possibilités d'emploi offertes par les ministères et organismes fédéraux qui souhaitent recruter du personnel à l'extérieur de la fonction publique; la direction générale fournit des services, des programmes et du matériel de recrutement au public canadien et aux ministères et organismes fédéraux, par l'intermédiaire de ses unités de services à la clientèle réparties dans toutes les régions du pays; la direction générale offre aussi des examens de sélection et des programmes et instruments d'évaluation qui sont utilisés aux fins de recrutement, de présélection, de sélection et de perfectionnement dans l'ensemble de la fonction publique fédérale.
La Direction générale de la vérification et des services de données de la CFP a pour objectif de fournir information, assurance et avis objectifs au Parlement – et, en bout de ligne, aux Canadiens et Canadiennes – quant à l'intégrité et l'efficacité du processus de nomination, notamment en ce qui concerne la protection du mérite et l'impartialité. On ne peut atteindre cet objectif que par la conduite de vérifications et d'études indépendantes. La Direction générale fournit également de l'information et des analyses à l'appui des activités de surveillance de la CFP.
Le groupe des Services juridiques s'occupe du droit de l'emploi du droit gouvernemental.
Cette direction générale à pour rôle de protéger et de promouvoir les intérêts de l'organisme au moyen de la gestion des politiques ministérielles et de la prestation de services et de systèmes centraux à l'appui de tous les programmes de la CFP. Elle assure les services liés aux activités de la présidente et des commissaires, des services de contrôleur moderne, de systèmes et de politiques de gestion, de finances, de gestion des ressources humaines, de technologie de l'information, de vérification interne et d'évaluation ainsi que d'autres services administratifs et de soutien.
Le Secrétariat aux affaires générales offre de l'appui, des conseils et des services à la Commission et à la haute direction de la CFP, en plus d'être le dépositaire du cadre de régie interne de la Commission.
La Direction générale des enquêtes mène des enquêtes à l'égard de processus de nomination particuliers afin de protéger le principe du mérite et mène également des enquêtes sur des allégations d'activités politiques irregulières afin d'assurer la caractère impartial de la fonction publique fédérale.